(제 목) 쟁점용역이 부가가치세가 면제되는 용역이라는 청구주장의 당부 (사실관계)청구법인은 2008.5.*.부터 음식물쓰레기재활용업을 영위하는 법인으로, 2007.7.**. **시장과 **군 음식물류폐기물 처리시설 민간투자사업 실시협약을 체결한 뒤 용역을 공급하고 그 과정에서 매월 여주시로부터 쟁점용역대가를 수령하면서, 2017년 2월부터는 쟁점용역이 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제5호의 용역에 해당한다고 보아 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다. (처분개요)처분청은 쟁점용역이 조특법 제105조 제1항 제5호에 따라 영세율이 적용되는 ‘퇴비공급용역’이 아닌 ‘음식물폐기물 처리용역’에 해당하고, 청구법인은 「폐기물관리법」에 의한 폐기물처리업 허가를 받지 않은 상태에서 여주시장으로부터 쟁점용역을 위탁받아 수행하였으므로, 부가가치세 면제대상도 아닌 것으로 보아, 청구법인에게 부가가치세를 경정ㆍ고지하였다. (심판결정)이 건 부과처분은 이를 취소한다. (판단이유)1개의 폐기물처리시설에 대해 2개 이상의 사업자로 나누어 폐기물처리업허가를 신청하거나 폐기물처리시설 설치 승인 또는 신고를 할 수 없고 해당 지방자치단체가 이미 관련 승인을 받거나 신고를 한 경우에는 청구법인이 쟁점시설에 대해 폐기물처리업허가를 받거나 폐기물처리시설 설치 신고를 하는 것은 사실상 어려운 것으로 보이는 점, 청구법인이 제공하는 쟁점용역이 부가가치세가 면제되는 용역이 아니라고 보는 것은 환경보전과 국민생활의 질적 향상에 이바지하고자하는 「폐기물관리법」의 목적과 이에 대하여 부가가치세 면제대상으로 보고 있는 「부가가치세법」의 취지에 반하고, 현실적으로 다양한 계약형태를 모두 고려하여 세법령에 반영하는 것은 입법기술상 한계가 있는 점 등에 비추어, 쟁점용역은 부가가치세가 면제되는 용역에 해당한다 할 것이고, 이와 다른 전제에서 처분청이 청구법인에게 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 첨부파일1 : H_2021중3518.hwp