(제 목) 이 건 선박의 중소기업투자세액공제 적용대상 해당여부 [수도권과밀억제권역 안에 본점을 두고 화물운송업을 영위하는 기업이 수도권과밀억제권역 외 지점사업장에서 사용하기 위하여 취득한 선박의 투자금액이 중소기업투자세액공제 적용대상인지 여부] (사실관계) 청구법인은 서울특별시에 본점을 두고 해상화물운송업을 영위하는 중소기업으로, 수도권과밀억제권역(이하 “수도권역”) 외에 소재한 지점사업장에서 사용하기 위하여 이 건 선박을 취득하였고, 위 지점사업장(임직원이 상주)은 인근 선박항의 단일항로에서 해당 선박을 이용하여 국내 화물운송 용역을 제공하고 있다. (처분개요) 청구인은 당초 법인세 신고 시 이 건 선박 투자금액에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제5조에 따른 중소기업투자세액공제를 신청하지 아니하였다가, 이후 처분청에게 해당 세액공제를 적용하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인의 본점이 수도권역 내에 소재하여 이 건 선박의 투자금액이 중소기업투자세액공제의 대상이 아니라는 사유로 이를 거부하였다. (심판결정) 처분청의 경정청구 거부처분을 취소한다. (판단이유) ｢조세특례제한법｣ 제130조에 따른 ‘수도권역의 투자에 대한 조세감면 배제’는 수도권역 안에 산업시설 등의 집중을 억제하고 기업의 지방이전을 유도함과 더불어 지방산업의 경영여건 향상을 지원하고자 하는 데 그 취지가 있다. 해당 규정은 감면배제대상을 수도권역 안에 소재하는 ‘사업자’가 아니라 해당 ‘사업장’에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산으로 규정하고 있어 해당 투자자산의 ‘수도권역 내 사용’을 감면배제사유로 들고 있는 것으로 보인다. 이러한 점을 고려할 때, 청구법인이 수도권역 외 지점사업장에서 사용하기 위하여 취득한 이 건 선박에 대하여 중소기업투자세액공제 적용을 배제한 것은 잘못이 있다. ※ 자세한 내용은 결정서 전문을 참고하여 주시기 바랍니다. 첨부파일1 : H_2021서0623.hwp